dsh-pubmed

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PubMed / Europe PMC 文献检索插件 for DeepSeek Harness (DSH)

把 @cyanheads/pubmed-mcp-server 的核心能力 移植成 DSH 原生模型工具：搜索、文章元数据、全文、引用格式化、MeSH、ID 转换等 11 个工具， 直接对接 NCBI E-utilities 与 Europe PMC REST，无需额外的 MCP 客户端配置。

✨ 功能（11 个工具）

工具	说明
pubmed_search_articles	PubMed 全文检索（布尔/字段/日期/排序/分页/摘要）
pubmed_fetch_articles	按 PMID 获取结构化文章（作者/摘要/MeSH/基金/DOI/PMCID）
pubmed_fetch_fulltext	PMC 全文（JATS → 分节正文，best-effort）
pubmed_format_citations	APA 7 / MLA 9 / BibTeX / RIS / Vancouver 引用
pubmed_find_related	相似文献 / 引用 / 参考文献（ELink + ESummary）
pubmed_lookup_mesh	MeSH 词表（树号 / 范围注释 / 入口词）
pubmed_lookup_citation	部分引文 → PMID（ECitMatch）
pubmed_convert_ids	DOI / PMID / PMCID 互转
pubmed_spell_check	检索词拼写纠正（ESpell）
pubmed_europepmc_search	Europe PMC 检索（MED/PMC/PPR/PAT/AGR，游标分页）
pubmed_europepmc_fetch	Europe PMC 单条完整记录（含未截断摘要）

📦 安装

1. 一条命令安装（官方 CLI，推荐）· 无需下载源码

dsh plugin --profile web add dsh-pubmed@latest              # 从 npm 安装（已发布）
# 或从 GitHub：dsh plugin --profile web add github:aiyacharley/dsh-pubmed
# 本机有源码：dsh plugin --profile web add /path/to/dsh-pubmed

装完重启 DSH，pubmed_* 出现在所有会话。 卸载：dsh plugin --profile web remove dsh-pubmed。

2. 复制粘贴给 Agent 自动安装（需 cordis 预设的会话）

把下面任一段整段贴到 DSH 会话，Agent 自动完成安装并自测：

• 持久化 · 重启后全会话可用：

【请帮我持久化安装 dsh-pubmed（重启后所有会话可用）】
1) 找到 DSH profile 名称（如 web；不确定就先问）。
2) 运行 dsh plugin --profile <名称> add dsh-pubmed@latest。
3) 提示用户重启 DSH。

• 会话级 · 当前会话立即生效（需本机有源码）：

【请帮我安装 dsh-pubmed 插件（PubMed 检索，11 个工具）】
1) 先定位 dsh-pubmed 包目录（含 lib/pubmed-core.js）。若本机还没有，先 git clone https://github.com/aiyacharley/dsh-pubmed.git；找不到就问我。
2) 读取该目录 lib/dynamic-wrapper.js 作为 cordis_define 的 code.host，并把 <DSH_PUBMED_CORE_PATH> 替换为 lib/pubmed-core.js 的绝对路径、<DSH_PUBMED_DIR> 替换为 dsh-pubmed 包目录。
3) cordis_run 激活（mode=run）。
4) 验证：pubmed_spell_check({query:"microbiom"}) 应返回 corrected="microbiome"；失败用 cordis_inspect_self 修复。

3. 手动安装（可选）

• patch：profile 的 cordis.patch.yml 追加 - insert: [{ id: pubmed, name: 'dsh-pubmed' }]，确保可解析 → 重启。
• 会话级：手动 cordis_define / cordis_run（模板见 lib/dynamic-wrapper.js）。

🗑️ 卸载

• 会话级：对该插件执行 cordis_undefine 即可；或直接重启 DSH 进程——会话级插件本就不持久，重启即消失。
• 持久化（一条命令 / bundle / patch）：dsh plugin --profile <名称> remove dsh-pubmed 后重启；或撤销安装时的改动并重启。也可把下面整段贴给 Agent 自动卸载：

【请帮我卸载 dsh-pubmed（重启后所有会话不再有 pubmed_* 工具）】
1) 找到 DSH profile 名称（如 web；不确定就先问）。
2) 运行 dsh plugin --profile <名称> remove dsh-pubmed。
   若该命令不可用，则手动：从 package.json 删除 "dsh-pubmed" 依赖（及 bundles 里的条目），从 cordis.patch.yml 删除 id 为 pubmed 的 insert 块，再 npm install。
3) 提示用户重启 DSH。

若本机还配了针对原版 pubmed-mcp-server 的 MCP 桥接（cordis.patch.yml 里的 mcp-pubmed 行）， 卸载需一并删除该行并重启。

🧪 用法示例

搜一下 2023 年 gut microbiome 的综述
→ pubmed_search_articles({ query: 'gut microbiome AND 2023[dp]', pubType: 'Review' })

把这篇 PMID 23193287 按 APA 和 BibTeX 给我引用
→ pubmed_format_citations({ pmids: ['23193287'], styles: ['apa', 'bibtex'] })

查这个 DOI 对应的 PMCID
→ pubmed_convert_ids({ ids: ['10.1093/nar/gks1195'], idtype: 'doi' })

看这篇文章的全文
→ pubmed_fetch_fulltext({ pmids: ['23193287'] })

⚙️ 配置

bundle 运行时无需配置。可选环境变量（加入 profile 的 patch 行 config.env 或进程环境）：

变量	作用
NCBI_API_KEY	提高 NCBI 限流（10 req/s 而非 3 req/s）
NCBI_ADMIN_EMAIL	NCBI 建议的联系邮箱
EUROPEPMC_ENABLED	控制 Europe PMC 相关工具

无 API key 时插件内置全局 350ms 请求队列（并行调用也会串行化），避免触发 NCBI 429； 建议配置 NCBI_API_KEY 将限流提升至 10 req/s。

✅ 要求

• DSH 版本（任意支持 Cordis bundle 的部署）
• Node.js ≥ 20（bundle 使用全局 fetch）
• 出网可访问 eutils.ncbi.nlm.nih.gov 与 www.ebi.ac.uk

📄 License

Apache-2.0。功能移植自 @cyanheads/pubmed-mcp-server （Apache-2.0，作者 Casey Hand）。